Mis on BAM-i registrifail?

Video: Mis on BAM-i registrifail?

2024 Autor: Lynn Donovan | [email protected]. Viimati modifitseeritud: 2023-12-15 23:45

A BAM-fail (. bam ) on SAM-i kahendversioon faili . SAM faili (. sam) on tabeldusmärgiga eraldatud tekst faili mis sisaldab järjestuse joondamise andmeid. Indekseerimine : IGV nõuab, et nii SAM kui ka BAM-failid sorteerida positsiooni ja indekseeritud , ja et indeksfailid järgima konkreetset nimetamise tava.

Samuti küsivad inimesed, kuidas BAM-faili avada?

Alates Fail menüüst valida Avatud ja valige BAM-failid vasakult küljelt. Valige paremal olev nupp Lisa a BAM-fail . Navigeerige lehele BAM Test Failid allalaaditud kaust valige with_index_with_graph. Klõpsake Avatud , valige kaart.

Teiseks, kuidas BAM-faili Fastq-iks teisendada? Allpool on toodud juhised BAM-faili teisendamiseks FASTQ-vormingusse. See töötab Linuxis ja nõuab SAMTOOLSi ja BEDTOOLSI

Laadige alla SAMTOOLS.
Ekstraheerige käsuga tar xzvf samtools-version.tar.bz2.
See loob kausta nimega samtools-version.
Liikuge kataloogi cd samtools-version.

Samuti, kuidas BAM-faili SAM-failiks teisendada?

To teisendada SAM juurde BAM , kasutame käsku samtools view. Peame täpsustama, et meie sisend on sees SAM-vorming (vaikimisi eeldab BAM ), kasutades suvandit -S. Peame ka ütlema, et tahame, et väljund oleks BAM (vaikimisi toodab BAM ) valikuga -b.

Mida Samtoolsi vaade teeb?

Samtools on utiliitide komplekt, mis manipuleerib joondusi BAM-vormingus. See impordib ja ekspordib SAM-vormingusse (Sequence Alignment/Map), teeb sorteerimine, liitmine ja indekseerimine ning võimaldab kiiresti hankida lugemisi mis tahes piirkondadest. Samtools on loodud töötama voos.

Soovitan:

Mis on viiterelee, mis kasutab RC ajastusahelat?

Uuemates viitereleedes kasutatakse ajaviivituse genereerimiseks takisti-kondensaatori (RC) võrkudega elektroonilisi vooluahelaid, seejärel lülitatakse sisse tavaline (hetk) elektromehaanilise relee mähis koos elektroonilise vooluahela väljundiga

Mis on näide, mis näitab, et oletus on vale?

Et näidata, et oletus on vale, peate leidma ainult ühe näite, mille puhul oletus ei vasta tõele. Seda juhtumit nimetatakse vastunäiteks. Et näidata, et oletus on alati tõsi, peate seda tõestama. Vastunäide võib olla joonis, väide või arv

Mis on küpsised, mis arutavad küpsiste rolli seansi jälgimisel?

Küpsised on seansside jälgimiseks enim kasutatav tehnoloogia. Küpsis on teabe võtmeväärtuste paar, mille server saadab brauserisse. Kui brauser saadab sellele serverile päringu, saadab ta koos sellega ka küpsise. Seejärel saab server küpsise abil kliendi tuvastada